Armata României sărbătoreşte Ziua transporturilor militare la 16 noiembrie. Este data la care, în anul 1880, odată cu înfiinţarea celui de-al doilea batalion de geniu, prin Înaltul Decret nr. 2550, s-a constituit şi câte o companie de căi ferate, primele subunităţi de acest fel din Armata României, potrivit volumului ‘Calendarul Tradiţiilor Militare’ (2010).
În anul 1887, s-a înființat primul Batalion de Căi Ferate, iar în 1898, s-a aprobat primul regulament asupra transporturilor militare pe calea ferată, iar la 16 octombrie 1919, după terminarea Primului Război Mondial, s-a înființat Brigada de Căi Ferate și Pontonieri, din subordinea Comandamentului Trupelor de Comunicații.
În 1949, a luat ființă Școala Militară de Ofițeri de Căi Ferate, urmând ca, la 1 august același an să se înființeze Secția 9 Transporturi Militare. La 1 martie 1956, Brigada de Căi Ferate a fost detașată de la Ministerul Forțelor Armate la Ministerul Căilor Ferate, până în anul 1991.
De-a lungul timpului, serviciul a trecut printr-o serie de reorganizări, astfel că, în 1997, Direcția Transporturi Militare se desființează, luând naștere Secția Transporturi Militare din cadrul Direcției Logistice a Statului Major General.
La 1 august 2000, s-a constituit Centrul de coordonare a mișcării, în subordinea Statului Major General, iar la 1 septembrie 2000, secțiile de Transporturi Militare Teritoriale se transformă în birouri de Transporturi Militare Teritoriale.